Darurat (1948-1989)

Semasa Darurat Tanah Melayu, ketika gerila Parti Komunis Malaya (PKM) melakukan pemberontakan terbuka, Cawangan Khas berjaya menyusup ke rangkaian atasan parti berkenaan. Dilaporkan, seorang pegawai Cawangan Khas berjaya mendapat kepercayaan yang cukup dari PKM untuk diperintahkan untuk menyusup ke Cawangan Khas. Dia pada gilirannya berjaya menyalurkan maklumat palsu kepada MCP. Juga didakwa bahawa pegawai tertinggi kedua di MCP adalah ejen Cawangan Khas, yang dihukum mati ketika dia ditemui.

Kegiatan Cawangan Khas semasa Darurat dipuji secara meluas, mendapat penghargaan seperti yang menyebutnya "salah satu pertubuhan terbaik seumpamanya di dunia".[1] Agensi perisikan lain menghantar pemerhati ke pusat latihan Cawangan Khas di ibu kota Kuala Lumpur untuk mempelajari taktik penyusupan dan pengintipan.[1] Pada masa inilah British "Asiaisasi" Cawangan Khas, menggantikan elemen pengintip dan pegawai Britishnya dengan penduduk tempatan yang terlatih.[4]

Skandal Anwar Ibrahim

Pada tahun 1998, bekas Timbalan Perdana Menteri Anwar Ibrahim didakwa melakukan kesalahan liwat dan rasuah, kedua-duanya adalah suatu jenayah di Malaysia. Selama perbicaraannya, sejumlah kenyataan dibuat oleh pegawai Cawangan Khas, yang telah terlibat dalam kes tersebut.

Salah satu tuduhan yang dibuat terhadap Anwar adalah bahawa beliau telah mengarahkan pegawai Cawangan Khas untuk mendapatkan penarikan balik pertuduhan berkaitan liwat terhadapnya. Bagaimanapun, pegawai Cawangan Khas yang terlibat memberitahu mahkamah bahawa mereka mempunyai alasan untuk mempercayai tuduhan itu dibuat oleh lawan politik Anwar. Dua lelaki Cawangan Khas yang terlibat adalah Pengarahnya ketika itu, Mohamed Said bin Awang, dan Timbalan Pengarah Kedua, Amir bin Junus. Seorang saksi pada perbicaraan tersebut memberi keterangan bahawa Mohamed Said telah memberitahu Anwar untuk membenarkan Cawangan Khas untuk memeriksa perkara itu, dan bukannya Anwar mengarahkan Cawangan Khas untuk menutupnya.

Semasa perbicaraan, Mohamed Said menjelaskan praktik Cawangan Khas - terutama dengan menjelaskan apa yang disebut sebagai "operasi pergantian", di mana penarikan diri diperoleh. Pada satu ketika, dia menggambarkannya sebagai "rahsia besar", dan enggan mengulas lebih jauh dari penjelasannya bahawa "Pada dasarnya kita melakukan penilaian cepat mengenai sasaran kita, kemudian kita melihat bagaimana kemungkinan untuk membalikkan pendirian mereka," dan itu " Sekiranya ia merupakan pendirian politik tertentu, kita mungkin meneutralkan pendirian jika itu adalah ancaman keselamatan".[5] Mohamed Said kemudian menjawab pertanyaan "Jika seseorang yang lebih tinggi dari timbalan perdana menteri memerintahkan anda untuk datang dan berbohong di mahkamah di sini, adakah anda akan melakukannya?" dengan "Bergantung pada keadaan." Setelah didesak untuk mendapatkan penjelasan oleh hakim, dia berkata, "Saya mungkin atau mungkin tidak".[6]

Dakwaan Raja Petra Kamarudin

Raja Petra Kamarudin, bekas tahanan di bawah Akta Keselamatan Dalam Negeri (ISA), telah mendakwa bahawa ketika beliau dibawa untuk disoal siasat, dia terkejut dengan seberapa baik mereka mengetahui tentang kegiatannya: "Sangat mengejutkan bahawa mereka dapat untuk mengambil semua gambar saya tanpa saya menyedarinya. Ini mula membuat saya tertanya-tanya adakah mereka mempunyai gambar-gambar lain dari saya dan isteri di bilik tidur saya ..... ya, anda tahu ... ... Seolah-olah mereka sudah ada di ruang pertemuan, mengambil bahagian dalam pertemuan itu, dan merekam seluruh sesi. Kami mungkin juga mengakui jenayah kami dan menandatangani pengakuan itu ..." Beliau juga mendakwa bahawa Cawangan Khas telah berhasil menyusup masuk ke hierarki beberapa parti politik di negara ini.